Betriebsprüfung in der Arztpraxis – Was Ärzt:innen wissen sollten

Keine Panik vor Prüfer:innen – aber auch keine Nachlässigkeit

Für viele Ärzt:innen ist die erste Betriebsprüfung eine unangenehme Vorstellung. Dabei gilt: Wer sauber dokumentiert, klare Trennung von Privat und Beruf wahrt und steuerlich begleitet wird, hat selten Überraschungen zu befürchten. Trotzdem kommt es bei Arztpraxen immer wieder zu Nachforderungen – oft wegen formaler Mängel oder fehlender Belege.

Wer wird geprüft – und warum?

Die Betriebsprüfung (BP) erfolgt stichprobenartig oder anlassbezogen durch das Finanzamt. Betroffen sind meist Wahlärzt:innen mit eigenen Ordinationen, aber auch Gemeinschaftspraxen, GmbHs oder selbständige Spitalsärzt:innen.

Kriterien können sein:

• Hohe Betriebsausgaben bei vergleichsweise geringen Umsätzen

• Unregelmäßige Umsatzsteuer-Voranmeldungen

• Hinweise aus Kontrollmitteilungen oder anonyme Anzeigen

Grundsätzlich kann jeder Unternehmer bzw jede Unternehmerin im Rahmen der „turnusmäßigen Prüfung“ ausgewählt werden – auch ohne konkreten Anlass.

Was wird geprüft?

Der Fokus liegt auf der steuerlichen Gesamtsituation und zwar, unter anderem auf:

• Einnahmen-Ausgaben-Rechnung

• Privatnutzung von PKW, Handy, Räumen etc.

• Ordinationskosten und Investitionen

• Umsatzsteuerliche Behandlung (v. a. bei Labor, Privatleistungen)

• Reisekosten und Fortbildungen

• Belegwesen und Kassenbuchführung

• Zusammenarbeit mit Angehörigen (z. B. Ehegatt:innen)

Häufige Fehlerquellen

1. Unklare Privatanteile bei Ordinations-PKW

2. Fehlende Dokumentation bei Reisen und Fortbildungen

3. Nicht belegbare Bewirtungskosten

4. Barumsätze ohne Registrierkasse

5. Unvollständige oder verspätete UVA-Abgaben

6. Überhöhte oder unübliche Mietkosten an Angehörige

Viele Ärzt:innen nutzen etwa private Fahrzeuge oder Wohnräume für die Ordination – das ist zulässig, aber korrekt zu dokumentieren!

Wie läuft eine Prüfung ab?

1. Ankündigung durch das Finanzamt (schriftlich, i. d. R. 1–2 Wochen im Voraus)

2. Anforderung von Unterlagen (Belege, Steuererklärungen, Kassenjournale etc.)

3. Prüfung vor Ort oder in der Kanzlei Ihrer Steuerberatung

4. Schlussbesprechung und allfälliger Prüfbericht

5. Nachforderung oder Festsetzung von Bescheiden

Tipps zur Vorbereitung

• Belegablage digital und vollständig – am besten chronologisch und nach Kategorien

• Privatanteile plausibel dokumentieren – z. B. mit Fahrtenbuch

• Betriebsstruktur schriftlich erklären – bei Beteiligungen oder Kooperationen

• Kassenführung kontrollieren – auch bei Wahlärzt:innen ohne Registrierkasse

Was tun bei Unsicherheiten?

• Prüfen Sie jährlich gemeinsam mit Ihrer Steuerberatung, ob die Buchhaltung „prüfungsfit“ ist.

• Lassen Sie heikle Punkte vorab simulieren – z. B. durch interne Plausibilitätskontrolle.

• Nutzen Sie unsere digitale Vorprüfung & Checklisten für Ärzt:innen.

Fazit

Eine Betriebsprüfung ist kein Grund zur Sorge – aber ein Fall für gute Vorbereitung. Wer sauber arbeitet, spart sich nicht nur potenzielle Nachzahlungen, sondern auch viele Stunden Erklärungsaufwand.

📩 Wir unterstützen Sie bei der Vorbereitung, begleiten den gesamten Prüfprozess und schützen Ihre Interessen gegenüber dem Finanzamt.